Proses penentuan logo GKJ adalah sebagai berikut :

 

1. Yang dimaksud logo adalah gambar yang menjadi simbol sesuatu (organisasi atau lembaga)

2.  Unsur-unsur yang harus ada di dalam logo GKJ adalah

    a. Unsur Kristen 

    b. Unsur Jawa

3. Untuk memenuhi kebutuhan yang tersebut pada no. 2 diatas, maka dipilih lambang/simbol sebagai

    berikut

    a. Unsur Kristen : Burung dara sebagai simbul roh kudus dan tangan berdoa sebagai simbul orang

        percaya 

    b. Unsur Jawa : Gunungan

4. Dibawah gambar tersebut ada sebuah pita yang bertuliskan  “GEREJA-GEREJA KRISTE JAWA”

    yang berkaligrafi jawa dengan warna yang dipakai adalah biru laut.

CATATAN :

     A. Semua unsur kristen yang ada di pakai dalam simbol ini, dipilih yang di dalamnya terkandung
          sifat aktif, yaitu burung dara yang terbang dengan tangan berdoa 
     B. Di dalam logo ini memang dengan sengaja tidak dipakai gambar salib, sebab memang tidak
         setiap logo gereja atau kristen memakai salib, sedangkan unsur kristen yang dipakai dalam logo
         itu sudah cukup mewakili dan jelas.