Lambang GKJ Karangalit berwarna biru dengan bentuk terdiri dari

Surya sengkala Pangandikane ingundhangna trusing bhumi  ada di atas dan mengikuti separuhnya dari bentuk lingkaran yang di dalamnya ada simbol Alkitab terbuka dengan angka 1997 dibawahnya.

Angka 1997 adalah tahun pendewasaan Pepanthan Karangalit GKJ Salatiga menjadi Gereja dewasa dengan nama Gereja Kristen Jawa Karangalit; disingkat GKJ Karangalit. Tepatnya, GKJ Karangalit berdiri atau Hari Ulang Tahun-nya di hari Jumat tanggal 17 Oktober 1997 jam 15.00 wib. Sebutan nama “Karangalit” dipilih dengan alasan bahwa Gereja ini sejak semula berdiri di padhukuhan Karangalit dan dikenal dengan sebutannya Gereja Karangalit.

Alkitab terbuka melambangkan Firman Tuhan atau Kabar Keselamatan untuk semua umat manusia; sedangkan bentuk lingkaran melambangkan bumi atau dunia. 

Surya sengkala huruf kaligrafi Jawa berbunyi: “Pangandikane ingundhangna trusing bhumi”, Pangandika = 7; undangna = 9 ; Trus = 9; Bhumi = 1, dibaca terbalik 1997. Surya sengkala, Pangandikane ingundhangna trusing bhumi (1997) bermakna setia kepada tugas pengutusannya, yaitu: Perintah agar GKJ Karangalit terus menerus menyampaikan kabar keselamatan kepada seluruh bangsa di muka bumi ini

Matius 28 : 19 – 20